蚊子於稻田等大量積水的地方繁殖，叮咬帶病毒的豬隻或野生雀鳥後就會受感染，再於叮咬人類或動物時將病毒傳播。此病不會直接由人傳人。

日本腦炎由受到感染到發病為四至十四天。病情輕微者除發燒及頭痛外，一般不會有其他顯著病徵。病情嚴重者則病發得快，並出現頭痛、發高燒、頸部僵硬、神志不清、昏迷、震顫、抽搐(尤其是兒童)及癱瘓等症狀。

日本腦炎並無特定的治療方法。醫生一般對患者施以支援性治療。此病的死亡率為5%至35%，康復者可能有神經系統的後遺症。

日本腦炎曾於中國、韓國、日本、台灣及泰國等地廣泛流行，但現時已有疫苗有效控制疾病傳播。然而，在越南、柬埔寨、緬甸、印度、尼泊爾及馬來西亞等地，此病仍偶有流行。預防日本腦炎，應採取防蚊措施，避免給蚊子叮咬。準備前往此病流行地區的人士，更應加倍注意。蚊子於黃昏至黎明時分最為活躍，因此這段時間應避免前往郊外。

香港有疫苗可預防日本腦炎但一般市民並不需要接種此疫苗。疫苗適用於準備前往亞洲及西太平洋地區等日本腦炎流行區(尤其是當地郊區)並逗留一個月或以上的旅遊人士。對於一些短期旅遊（不足一個月），旅客如果計劃於疾病傳播季節到郊區並大部份時間進行戶外或夜間活動，亦應接種疫苗。